Manga Cilt 28'den itibaren Manga Bölüm 2'yi oluşturan hikayenin 85 bölümlük doldurma bölümlerden sonra anime devamıdır.
Aradan 2,5 yıl geçmiştir. 15 yaşında Naruto, Jiraiya ile çıktığı yolculuktan geri döner. Eski arkadaşları ile karşılaşır. Hepsi chuunin ve jounin olmuştur. Takım 7 yeniden oluşturulur ve Sasuke'yi geri getirmek için çalışmaya devam eder.
Akatsuki Organizasyonu daha etkin rol oynamaya başlar.
