Seri 2, Naruto Manga serinin ikinci kısmıdır. Birinci seri sonunda Naruto'nun çalışmak için Jiraiya ile köyden ayrılışının üzerinden 2,5 yıl geçmiştir. Köye geri dönen Naruto artık bir chuunin olan takım arkadaşı Sakura ve hocası Kakashi ile yeniden bir araya gelir. Kakashi onlara tekrar zil testini uygular. Bu sefer her ikisi de birer zil almayı başarırlar. Takım 7 artık Takım Kakashi olarak anılmaya başlar.
Aktif haldeki Akatsuki Organizasyonuna karşı ve eski arkadaşları Sasuke'yi geri getirmek için Sakura ve Nauto yeni üyelerle birlikte bir çok yeni çarpışmanın içine gireceklerdir.
