Çakra , basitçe jutsu için kullanılan enerjidir. Bir tekniği gerçekleştirmek için çakra'nın (vücut enerjisinin) ve deneyimle kazanılan ruhsal enerjinin birleştirilmesi gerekmektedir. Daha sonra gerekli el işaretleri yapılarak jutsu gerçekleştirilir. Çakra gücü harekete geçirildikten sonra istenilen hareket veya teknikler yapılabilir.
Çizer Masashi Kishimoto'dan;
"Karakterlerin normal üstü güç kullandıklarında hikayeyi bağlamam gereken bir noktaya ihtiyacım vardı. Çakra terimi okurların bu gücü daha iyi anlayabilmesi için kullanılmıştır. Bu Star Wars'daki "The Force" ve Dragon Ball'daki "Chi (Ki)"ye benzerdir."
Normal Çakra: Seri boyunca görülen açık mavi renkteki güçtür. Bir nevi 1.Düzey çakradır. Pek çok teknik için kullanılabilir ama daha üst düzey teknikler için daha fazlasına ihtiyaç vardır.
İyileştirici Çakra (Healing Chakra): Tsunade ve Shizune gibi tabip ninjalar tarafından kullanılan bir tiptir. Açık yeşil renkli çarka vücuttaki fiziksel bir hasarı iyileştirebilir. Kullanıcı bu gücü ellerine odaklar ve yaralı bölge üzerinde tutarak enerjiyi bu noktaya uygulayarak iyileştirmeyi gerçekleştirirler. Büyük bir ihtimalle o bölgedeki hücrelere verilen enerji ile hücrelerin yenilenmesini hızlandırmaktadırlar. Bu tür çakrayı kullanmak kolay değildir ve herkes tarafından yapılamaz.
Kyubi'nin Çakrası: Kyubi gücünü gerektiği zaman Naruto'nun kullanmasına izin vermekte bu da Naruto'ya inanılmaz bir güç vermektedir.
Lanetli Mühür Çakrası (Cursed Seal Chakra): Lanetli mühür Orochimaru tarafından verilen bir jutsudur. Bu mührü alanların yaşama şansı %10'dur. Başaranlar içinse bile hala çok tehlikeli bir güçtür. Fazla kullanıldığında insan vücudunu yok eder ve kişilerin insanlıktan çıkmalarına neden olur. Orochimaru bu gücü genelde insanları kendi çıkarları için kullanmak amacıyla verir. Çakra aktif hale geldiğinde kişinin vücudunda siyah işaretler ortaya çıkar ve her yerini sarar. Bir süre sonra ise bu izler kaybolurken kişi dönüşüme uğrayarak şeytani bir güce ulaşır.
Çakra Kapıları (Chakra Gates): Vücutta çakra kapıları açarak dışarı çarka akışı sağlanabilir. Bu kaslar üzerinde fazla yüklenmeye neden olabilir. Bu tür bir saldırı öldürücü olsa bile inanılmaz bir hız ve rakibe büyük zarar verecek yüksek düzey saldırılar yapmaya olanak sağlar. Rock Lee, Lotus saldırı tekniğinde bu tür bir güç kullanır. Yüksek Risk Taijutsu'da oldukça yetenekli kişiler tarafından kullanılmalıdır. Bir kişi 8 kapı açabilir. Bazen çakra yeşile dönüşerek kişinin çevresini sarar. Pek çok zaman kullanıcıyı hareketsiz bırakabilir ve kas liflerinin kopmasına neden olabilir.
Çakra Eğitimi
Ağaç Tırmanma: Çakra ayak altına odaklanarak hiçbir ekipman ve ya el yardımı olmadan ağaçta yürümeye çalışılır. Bu çakra kontrolünü en iyi derecede sağlamak amacıyla yapılan bir antrenmandır. Her ne kadar ağaca tırmanma için gerekli çakra çok az olsa da ayak altında çakra toplama oldukça zordur. Bu nedenle bu çalışma çakrayı en iyi şekilde kontrol etmeyi sağlar.
Suda Yürüme: Ağaca tırmanmanın bir üst derecesidir. Çakra yine ayak altına odaklanır ve su üzerinde kalmayı sağlayacak bir güç elde edilir. Ortaya çıkan çakra vücut ağırlığına eşit olmalı ama aynı zamanda da su üzerinde kalmayı sağlayacak bir dengede tutulmalıdır. Bu suyun hareket eden ve sıvı olmasından dolayı zor bir çalışmadır. Bu eğitim vücudun gerekli noktalarına gerektiği kadar çakra vermeyi öğretmek için yapılır.
Yaprak Konsantrasyonu: Tüm çakranın alına konulan bir yaprak üzerine odaklanmasıdır. Konsantrasyon için etkili bir eğitimdir. Aklı sakinleştirip, hedef belirlenerek kişi maksimum gücünü ortaya çıkarabilir.
Çakra Kalıplaması: Bu vücuttaki çakra akışını arttırabilir. Bu sayede diğer üç antrenmanın kolaylıkla gerçekleştirilebileceği gibi daha fazla çakraya ulaşmayı sağlar. İstenilen bölgeye çakra toplama hızlandırılabilir.